核酸電泳通常在瓊脂糖凝膠或聚丙烯酰胺凝膠中進行，濃度不同的瓊脂糖和聚丙烯酰胺可形成分子篩網(wǎng)孔大小不同的凝膠，可用于分離不同分子量的核酸片段。
下面讓我們分別來了解一下這兩種分類吧。
一、瓊脂糖凝膠電泳
1.原理 瓊脂糖是從海藻中提取出來的一種線狀高聚物。將瓊脂糖在所需緩沖液中加熱熔化成清澈、透明的溶膠，然后倒入膠模中，凝固后將形成一種固體基質(zhì)，其密度取決于瓊脂糖的濃度。
將凝膠置電場中，在中性pH值下帶電荷的核酸通過凝膠網(wǎng)孔向陽極遷移，遷移速率受到核酸的分子大小、構象、瓊脂糖濃度、所加電壓、電場、電泳緩沖液、嵌入染料的量等因素影響。
在不同條件下電泳適當時間后，大小、構象不同的核酸片段將處在凝膠不同位置上，從而達到分離的目的。瓊脂糖凝膠的分離范圍較廣，用各種濃度的瓊脂糖凝膠可分離長度為200bp至50kb的DNA。
二、聚丙烯酰胺凝膠電泳
1.原理 聚丙烯酰胺凝膠通過丙烯酰胺單體、鏈聚合催化劑N，N，N'，N'-四甲基乙二胺(TEMED)和過硫酸銨以及交聯(lián)劑N，N'-亞甲雙丙烯酰胺之間的化學反應而形成。
丙烯酰胺單體在催化劑作用下產(chǎn)生聚合反應形成長鏈，長鏈經(jīng)交聯(lián)劑作用交叉連接形成凝膠，其孔徑由鏈長和交聯(lián)度決定。鏈長取決于丙烯酰胺的濃度，調(diào)節(jié)丙烯酰胺和交聯(lián)劑的濃度比例，可改變聚合物的交聯(lián)度。
聚丙烯酰胺凝膠電泳可根據(jù)電泳樣品的電荷、分子大小及形狀的差別達到分離目的，兼具分子篩和靜電效應，分辨力高于瓊脂糖凝膠電泳。可分離只相差1個核苷酸的DNA片段。
聚丙烯酰胺凝膠電泳用于分析和制備長度小于1kb的DNA片段。根據(jù)所要分離的核酸片段大小，可制備不同濃度的凝膠。
